PCR是分子生物學研究和實驗的常規(guī)方法，并沒有嚴格的凈化要求，但是為了避免各個試驗區(qū)域間交叉污染的可能性，宜采用全送全排式氣流組織形式。同時，要嚴格控制送、排風的比例以保證各實驗區(qū)的壓力要求。
試劑貯存和準備區(qū)：
該實驗區(qū)主要進行的操作作為貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應混合液的制備。試劑和用于標本制作的材料應直接運送至該區(qū)，不得經(jīng)過其它區(qū)域。試劑原材料必須貯存在本區(qū)內(nèi)，并在本區(qū)內(nèi)制備成所需的貯存試劑。對氣流壓力的控制，本區(qū)并沒有嚴格的要求。
標本制備區(qū)：
該區(qū)域主要進行的操作為臨床標本的保存、核酸（RNA、DNA）提取、貯存及其加入至擴增反應管和測定RNA時cDNA的合成。本區(qū)的壓力梯度要求為相對于臨近區(qū)域為正壓，以避免從鄰近區(qū)域進入本區(qū)的氣溶膠污染。另外，由于在加樣操作中可能會發(fā)生氣溶膠所致的污染，所以應避免在本區(qū)域內(nèi)不必要的走動。
擴增反應混合物配制和擴增區(qū)：
擴增反應混合物配制和擴增區(qū)：該區(qū)域主要進行的操作為NDA或cDNA擴增。此外，已制備的DNA模板和合成的cDNA（來自樣本制備區(qū)）的加入和主反應混合液（來自試劑貯存和制備區(qū)）制備成反應混合液等也可以在本區(qū)域內(nèi)進行。在巢氏PCR測定中，通常在第一輪擴增后必須打開反應管。因此巢氏擴增有較高的污染危險性，第二次加樣必須在本區(qū)域內(nèi)進行。本區(qū)的壓力梯度要求為：相對于鄰近區(qū)域為負壓，以避免氣溶膠從本區(qū)域漏出。為避免氣溶膠所致的污染，應盡量減少在本區(qū)內(nèi)不必要的走動。個別操作如加樣等應在超凈臺內(nèi)進行。
擴增產(chǎn)物分析區(qū)：
該區(qū)域主要進行的操作為擴增片段的測定。如使用全自動封閉分析儀器檢測，此區(qū)域可不設。本區(qū)是最主要的擴增產(chǎn)物污染來源，因此對本區(qū)的壓力梯度的要求為：相對于臨近區(qū)域為負壓，以避免擴增產(chǎn)物從本區(qū)域擴散至其它區(qū)域。
完備的實驗室配套設施：
完備的實驗室配套設施是保證實驗工作的必要條件，應根據(jù)各個實驗室實驗內(nèi)容的不同配備相應的設備和儀器，如超凈工作臺、生物安全柜、離心機、加樣器等。
